Для каких целей существует шифрование документов электронной подписью, как правильно передаются зашифрованные документы контрагенту (с сертификатом подписи или без)?

При подписании электронного документа не производится его шифрование. 
При передаче документа через оператора электронного документооборота шифруется канал передачи. Перехватить его по пути невозможно.