Можно ли отклонить входящий от контрагента запрос на уточнение/корректировку электронного документа?

Можно. Такой механизм существует. 

Примечание: Если говорить конкретно об аннулировании, то оно не всегда (не со всеми операторами) работает в роуминге, и не все системы контрагентов поддерживают систему аннулирования.