Ответ на вопрос:
Для отражения факта уничтожения дел служит акт Уничтожение дел. Акт можно создать при помощи команды «Создать» в списке документов или при помощи подменю «Создать на основании» в списке дел (томов) или в карточке дела (тома).

Рекомендуем ознакомиться
Чем отличаются реквизиты «Номенклатура дел» и «Помещен в дело»?
Как напечатать обложку дела?
Как сформировать внутреннюю опись дела?
Как определить срок хранения дела и номер статьи при составлении номенклатуры дел?
Мы являемся группой компаний и в «1С:Документооборот» ведем учет в разрезе нескольких организаций. Можно ли создать одну номенклатуру дел для нескольких организаций?