Ответ на вопрос:
После того, как документ подписан электронной подписью, в файл нельзя вносить какие-либо изменения. В случае внесения исправлений после подписания, подписанный ранее электронной подписью документ становится недействительным. Поэтому, нет разницы в каком формате подписывается договор.