Для этого в карточке нумератора появилась настройка Использовать пропущенные номера. Настройка доступна только для регистрационных, а не временных номеров.

Если настройка установлена, программа автоматически запомнит, что предыдущий номер не используется, и предложит выбрать его в следующем зарегистрированном документе.

При этом пропущенный номер учитывает все настройки самого нумератора, например, независимую нумерацию.